En pension chez la cruelle Annabelle, Morten espère le retour du bateau de son père, La Salamandre, dont le fourbe Stinger veut s'emparer. Las, un apprenti magicien rapetisse Morten et le propulse au royaume des insectes. Petit par la taille, le garçon reste immensément courageux…
Héritiers d'une grande tradition du stop motion, les studios estoniens Nukufilm signent avec Capitaine Morten leur grande entrée dans le circuit des longs métrages. Sans renoncer à l'inspiration ni l'esprit caractéristiques de l'animation des anciens pays “frères“ : comme chez maîtres tchèques ou russes, et même si l'histoire emprunte des sentiers fantaisistes, la marionnette conserve une certaine austérité dans sa forme — austérité que l'on retrouve dans certaines aspérités du récit : ici, Annabelle est cruelle et l'araignée (son double miniature) mange en beignets ses victimes. À une époque encourageant les histoires émollientes, il est peu banal de voir un conte osant réactualiser la figure de l'ogre et de la marâtre ! Qu'on se rassure cependant : cela se termine bien pour les gentils, évidemment.